虽然市盈率指标简单易用，但也正是因为简单使得投资者缺乏系统考虑公司基本面的情况，误用市盈率的情况普遍存在。以下为较为常见的误用之处。
1、周期公司误用
周期行业，由于产品大多同质化，公司盈利取决于产品的供求关系。在行业波峰时周期公司盈利状况很好，市盈率分母较大，市盈率较低，给了投资人估值看上去很便宜的错觉，但正是因为丰厚的利润吸引了产品供给的增加，很可能发生行业反转，公司盈利下降的情况，股价下降，市盈率反倒上升。而在行业低谷时，公司普遍亏损或者微利，市盈率高达成百上千，股票估值看上去很贵，但真实却可能很便宜，一旦走出低谷，盈利上升，反倒出现股价越涨市盈率越低的情况。因而周期公司除了关注市盈率指标的变动，更需要结合后面我们所说的市净率指标判断。
2、前景变差，业绩下滑
运用市盈率最关心的仍然是公司未来的发展前景，投资者要确保买到的不是未来业绩大幅下滑的公司，否则即便现在买入的市盈率再低，也无济于事。
3、现金流差
市盈率指标关注的是公司的净利润情况，这使得在使用时缺乏从DCF模型的角度去思考公司的现金流情况。如果公司利润状况不错，但是经营性现金流净额很少，而投资性现金流净额又很大，这样低市盈率的公司，其实背后是因为公司的价值低。
4、风险过高
之前我们提到市盈率的驱动因素之一是贴现率，风险越大的公司贴现率应该越高，市盈率水平越低。如果某些行业或者个股市盈率低于其他，未必真的便宜，很可能是因为承担了过高的风险，例如财务风险过高，运营风险过高等。
5、忽略增长及空间
现金流贴现模型显示公司大部分价值来自于未来永续增长部分，而这部分就和公司增长的空间相关。行业及个股的增长速度和空间很大程度就决定了行业与行业之间，个股与个股之间的市盈率差异。
6、忽视可持续的经营利润
计算市盈率要扣除非经常性损益，考虑到投资收益、补贴或者资产重估收益等因素，关注利润是否来自主营业务，持续性如何。有的公司利润也是来自主营业务，但主要集中在单个项目，单个项目一旦完成，利润不可持续。
7、假账风险
由于市盈率计算基于公司净利润水平，而净利润是公司选择会计政策、会计估计编制出来，人为调节的空间很大。如果投资者选择了一份虚假的财务报表作为价值评估，将得不出任何意义。
8、用别人更贵来证明自己便宜
投资者经常用估值很高的同行业公司来证明标的公司的便宜，事实上，两者可能都是很贵的，只是参照公司更贵，这正是比较估值法的重大缺陷。
总的来说，市盈率大致反应了股票的贵贱，但是高市盈率未必真贵，低市盈率未必真便宜，仍然需要具体分析。从概率来说，如果一个组合涵盖了来自不同行业的低市盈率公司，那么这个组合长期（得30年以上，否则可能存在3-15年都跑输的可能。）都跑赢市场指数的机会很大。
